在白天他是电脑公司的高级程序员也是一位遵矩守法的公民托马斯.安德森，而在夜晚他则化为网络上神通广大的黑客名为尼奥，在网络上他常入侵重要的机构去寻找一个神秘的人物“墨菲斯”。因为尼奥常常陷于现实与虚幻的迷惑之中，因此为他必须去找寻一个心中的疑团“到底什么是黑巢！(Matrix)”。 直到有一天尼奥惊讶地发现竟然有人入侵了他的电脑，并且将他引到一个神秘的女人面前--翠妮蒂，她似乎知道他的很多的事，包括墨菲斯。与此同时另一个神秘的政府组织也在找寻奥尼，并且抓住了他，而且还匪夷所思地在他的身体里放了一只机械虫，但是当尼奥醒来时发现，不过是一场恶梦。然而，翠妮蒂再次出现了，她告诉尼奥这一切并不是恶梦，她把他带到了墨菲斯面前，墨菲斯给了尼奥两颗药丸，蓝色将他带回原来正常的生活，不再出现恶梦，而红色将告诉他想知道的答案到底什么是黑巢，并且一旦选择了就不能回头。尼奥选择了红色药丸。 这一次他是真的从恶梦中醒过来了，他震惊地发现自己人类已经完全失出了自我，从身体的自由到人类的思想，而人类熟悉的世界不过是电脑制造出来的虚幻境像。墨菲斯告诉尼奥，当人类制造出人工智慧的电脑人后，人类与电脑人之间爆发了战争，最后拥有核能量